Głównym zadaniem realizowanym przez Krajowe Centrum Inwentaryzacji Emisji jest szacowanie rocznych emisji zanieczyszczeń do powietrza z obszaru Polski. W miarę posiadanych danych prace inwentaryzacyjne dotykają także zagadnień zanieczyszczania innych mediów takich jak woda czy gleba. Zgodnie z zasadami tworzenia krajowych raportów inwentaryzacyjnych podstawowym źródłem danych jest krajowa statystyka publiczna (GUS). KCIE powstało w Instytucie Ochrony Środowiska na podstawie porozumienia trójstronnego podpisanego przez Ministerstwo Środowiska, Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej i Instytut Ochrony Środowiska w Warszawie. W marcu 2006 KCIE weszło w skład nowoutworzonego Krajowego Administratora Systemu Handlu Uprawnieniami do Emisji (KASHUE).